- сертификационный курс по эндоскопической хирургии в НМГУ (Новосибирск, 2008);
- профессиональная переподготовка по пластической и реконструктивной хирургии (2009-2010);
- ТУ «Пластическая хирургия с основами хирургической косметологии» в Казанской государственной медицинской академии (Казань, 2009);
- профессиональная переподготовка по специальности «Пластическая хирургия» в Международной медицинской корпорации (Москва, 2010);
- профессиональная переподготовка в Дальневосточном государственном медицинском университете по программе «Организация здравоохранения и общественное здоровье» (2010);
- профессиональная переподготовка в Международной Медицинской Корпорации по специальности «Пластическая хирургия» (2010);
- курс «Пластическая хирургия» в Международной медицинской корпорации по (2015);
- профессиональная переподготовка по специальности «Пластическая хирургия» (Вена, 2016);
- усовершенствование по травматологии и ортопедии в Северо-Западном государственном медицинском университете имени И.И. Мечникова (2017);
- ТУ «Эндоскопическая хирургия лица – курс О.М. Рамиреса» (СПб, 2017) и другие.
- сертификационный курс по пластической хирургии в РУДН (г.Москва,2020)

Участник российских и международных конференций и симпозиумов по актуальным вопросам пластической хирургии (съезды ОПРЭХ, ISAPS, IPRAS и др.).

Основные направления врачебной деятельности Я.Н. Прощенко - реконструктивные и эстетические пластические операции на всех областях тела:
⁃ подтяжка лица
⁃ блефаропластика
⁃ абдоминопластика
⁃ эндопротезирование груди
⁃ липосакция
⁃ отопластика

А также малоинвазивные омолаживающие методики; лечение рубцов, пластические операции у детей по поводу лопоухости, врожденных и приобретенных деформациях и рубцах.